Il mantello del Labrador può esser di tre colori nero, giallo che può assumere diverse gradazioni che vanno dal rosso fulvo al crema chiaro, e choccolate che può rivelarsi in diverse tonalità di marrone ma l'importante è che la pigmentazione risulti comunque uniforme. Altrettanto importante nei labrador chocolate è il colore dell'iride che dovrà avvicinarsi il più possibile a quello del mantello.
Nel Labrador il colore del mantello viene determinato dalla combinazione di due coppie di geni. Una coppia stabilisce il colore (nero o marrone), l'altra coppia determina l'espressione o meno del colore (giallo).
In effetti esistono solo due colori, il NERO e il MARRONE. Il GIALLO non è il risultato della presenza di un gene del colore giallo, ma è l'incapacità di esprimere il colore nero o marrone. Le diverse sfumature del giallo, sono determinate da altri geni (poligeni) che agiscono in combinazione tra loro.
I geni sono sempre in coppia, uno viene ereditato dalla madre e uno dal padre. I geni possono essere "dominanti" o "recessivi": un gene "dominante" determinerà sempre il colore del mantello, è sufficiente che sia presente nel patrimonio genetico e non ha importanza con quale gene sia in coppia. Un gene "recessivo" può determinare il colore del mantello solo quando non è presente il gene dominante e quindi quando è in coppia con un altro recessivo. Per convenzione i geni dominanti vengono indicati con una lettera maiuscola, mentre i geni recessivi vengono indicati con la lettera minuscola.
I geni del colore del Labrador sono quindi:

B = Nero
b = Cioccolato
E = Colore
e = No colore (giallo)

Un Labrador può avere:
BB, Bb o bb insieme con EE, Ee o ee

Poiché le due coppie sono sempre insieme, le combinazioni possibili sono:

BBEE = Nero
BBEe = Nero (che trasmette il giallo)
BBee = Giallo
BbEE = Nero (che trasmette il cioccolato)
BbEe = Nero (che trasmette il giallo e il cioccolato)
Bbee = Giallo (che trasmette il cioccolato)
bbEE = Cioccolato
bbEe = Cioccolato (che trasmette il giallo)
bbee = Dudley (non ammesso dallo standard) 

L'accoppiamento tra due Labrador gialli potrà quindi dare solo cuccioli gialli, in quanto i genitori trasmettono solo il gene "e", cioè quello che non permette l'espressione del colore. Così come dall'accoppiamento di due Labrador cioccolato nasceranno cuccioli cioccolato o Dudley (non ammesso dallo standard). Se non si conosce il patrimonio genetico, è preferibile evitare l'accoppiamento di due Labrador cioccolato o di un cioccolato con il giallo, proprio perchè esiste la possibilità di far nascere dei cuccioli di un colore non ammesso.
Esistono laboratori specializzati che sono in grado di effettuare dei test genetici per sapere con precisione se un Labrador con mantello nero è portatore del gene "marrone" o "giallo"; la conoscenza del patrimonio genetico permette di effettuare degli accoppiamenti mirati ad ottenere i diversi tipi di colore.

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